深港合作的新定位，与深圳产业升级的目标基本一致。广东省委书记汪洋3月底到深圳调研的时候曾表示，深圳要促进促进产业结构调整和产品转型升级、发展高端产业，要形成发展高端服务业与现代制造业、高新技术产业良性互动、双轮驱动的格局。

　　从深港两地的优劣势来看，深圳高新技术产业增加值占全市工业增加值和经济总量(GDP)的比重，目前已位居中国各大城市首位，但物流业和金融业则相较处于劣势。而作为国际金融中心的香港，金融业、物流业发展较成熟，因此，金融业、物流业、高新技术产业，将来可能是深港深度合作的重点领域。

　　另外，深港合作如果推动得好，将进一步淘汰劳动密集型的小企业，引导经济结构升级换代，助推深圳的产业升级，而深圳的产业升级，是整个珠三角产业升级的重点区域，也为中国的产业升级起到了试点作用。

　　《深圳市城市总体规划(2007—2020)》，除了对金融、物流领域的合作，还涉及在重大基础设施、跨境开发等方面，两地的机场合作、河套等边境地区合作开发均予以了强调，两地还将共同改善深圳湾和大鹏湾水质，提高两地大气环境质量。《规划》中还进而提出了一套衡量深港合作程度的指标体系，仅在跨境人流量指标方面，便提出了将由目前的每日42.2万提高到100万。